1、內部結構不同。轉子泵是通過兩個轉子在泵腔體內反向旋轉，將進料口到輸送口的容積由大變小而達到輸送物料的目的，而螺桿泵是通過螺旋狀的螺桿在橡膠定子內轉動，使物料從前至后的螺旋轉動從出料口送出。
2、配件壽命的不同。由于轉子泵部件之間沒有摩擦，轉子泵的磨損件使用壽命很長，對過流部件的磨損主要來自與介質中的磨蝕性和腐蝕性成分；而螺桿泵的轉子和定子之間的摩擦，介質中顆粒物等同時影響磨損件的使用壽命。 偏心旋轉的轉子產生的應力全部被定子承受，這樣加劇了部件之間的磨損。 即使是輸送沒有任何顆粒物的介質，泵的定子也會逐漸磨損。
3、衛生級別不同。由于螺桿泵的非流線型曲面以及腔室內眾多的缺陷決定了它不可能成為衛生級的泵。腔壁四氟或橡膠的損壞更可能對輸送介質造成污染。而轉子泵由于轉子的流線結構以及轉子室中基本沒有死點和非金屬件，所以，在食品飲料、醫藥等衛生級要求較高的行業中，高粘度容積泵更合適應用，特別是現在的生產線自動化越來越高，同時越來越多的采用了在線清洗，這就更顯示了選擇凸輪轉子泵的重要性。所以，轉子泵衛生級別要高于螺桿泵。
4、輸送方向不同。轉子泵輸送方向可以逆轉，泵為完全對稱的結構；而螺桿泵不可以逆轉，其在反向輸送的時候密封處于受壓狀態。
5、自吸能力不同。螺桿泵有很好的自吸能力，但要避免泵體空轉，且不能超過30秒；則轉子泵在轉速大于200rpm的情況下，可以產生很好的自吸能力。